Online Image Analysis Training in Nederland

Deze door een instructeur geleide, live training in Nederland (online of op locatie) is bedoeld voor onderzoekers en laboratoriumprofessionals van het beginner- tot het intermediate niveau die beelden willen verwerken en analyseren die verband houden met histologische weefsels, bloedcellen, algen en andere biologische monsters. Aan het einde van deze training zullen de deelnemers in staat zijn om:

• De Fiji-interface te navigeren en de kernfuncties van ImageJ te gebruiken.
• Wetenschappelijke beelden voor betere analyse voor te verwerken en te verbeteren.
• Beelden kwantitatief te analyseren, inclusief het tellen van cellen en het meten van gebieden.
• Repetitive taken te automatiseren met behulp van macro's en plugins.
• Workflows aan te passen aan specifieke behoeften op het gebied van beeldanalyse in biologisch onderzoek.

Fiji is een open-source beeldverwerkingspakket dat ImageJ (een beeldverwerkingsprogramma voor wetenschappelijke multidimensionale beelden) en een aantal plug-ins voor wetenschappelijke beeldanalyse bundelt. In deze live training onder leiding van een instructeur leren deelnemers hoe ze de Fiji-distributie en het onderliggende ImageJ-programma kunnen gebruiken om een toepassing voor beeldanalyse te maken. Aan het einde van deze training zijn de deelnemers in staat om:

• Gebruik de geavanceerde programmeerfuncties en softwarecomponenten van Fiji om ImageJ uit te breiden
• Naai grote 3D-afbeeldingen van overlappende tegels
• Een Fiji-installatie automatisch bijwerken bij het opstarten met behulp van het geïntegreerde updatesysteem
• Kies uit een brede selectie scripttalen om aangepaste oplossingen voor beeldanalyse te bouwen
• Gebruik de krachtige bibliotheken van Fiji, zoals ImgLib, op grote bioimage-datasets
• Implementeer hun applicatie en werk samen met andere wetenschappers aan soortgelijke projecten

Vorm van de cursus

• Interactieve lezing en discussie.
• Veel oefeningen en oefenen.
• Hands-on implementatie in een live-lab omgeving.

Opties voor het aanpassen van cursussen

• Om een training op maat voor deze cursus aan te vragen, neem dan contact met ons op om een afspraak te maken.

Pattern Matching is een techniek die wordt gebruikt om gespecificeerde patronen in een afbeelding te lokaliseren. Het kan worden gebruikt om het bestaan van gespecificeerde kenmerken in een vastgelegd beeld te bepalen, bijvoorbeeld het verwachte label op een defect product in een fabriekslijn of de gespecificeerde afmetingen van een onderdeel. Het verschilt van "Pattern Recognition" (dat algemene patronen herkent op basis van grotere verzamelingen van verwante monsters) in die zin dat het specifiek dicteert waarnaar we op zoek zijn en ons vervolgens vertelt of het verwachte patroon bestaat of niet. Vorm van de cursus

• Deze cursus introduceert de benaderingen, technologieën en algoritmen die worden gebruikt op het gebied van patroonherkenning zoals dat van toepassing is op Machine Vision.

Scilab is een goed ontwikkelde, gratis en open-source taal op hoog niveau voor wetenschappelijke gegevensmanipulatie. De centrale datastructuur wordt gebruikt voor statistieken, grafische afbeeldingen en animaties, simulatie, signaalverwerking, fysica, optimalisatie en meer, en is de matrix, die vele soorten problemen vereenvoudigt in vergelijking met alternatieven zoals FORTRAN en C-derivaten. Het is compatibel met talen zoals C, Java en Python , waardoor het geschikt is als aanvulling op bestaande systemen. In deze door instructeurs geleide training leren deelnemers de voordelen van Scilab vergelijking met alternatieven zoals Matlab, de basisprincipes van de Scilab syntaxis en enkele geavanceerde functies, en een interface met andere veelgebruikte talen, afhankelijk van de vraag. De cursus wordt afgesloten met een kort project gericht op beeldverwerking. Aan het einde van deze training hebben de deelnemers inzicht in de basisfuncties en enkele geavanceerde functies van Scilab en beschikken ze over de middelen om hun kennis te blijven uitbreiden. Publiek

• Gegevenswetenschappers en ingenieurs, vooral met interesse in beeldverwerking en gezichtsherkenning

Formaat van de cursus

• Deelcollege, deelbespreking, oefeningen en intensieve praktijkoefening, met een eindproject