Fundamenten van Nanowetenschap Training Cursus

Dit is een praktijkgerichte workshop die de basisprincipes van bioinformatica introduceert. Het is bedoeld voor mensen met een basiskennis van biologie en moleculaire biologie, die willen leren hoe ze biologische data kunnen verwerken en bewerken met computationele tools. De workshop is speciaal ontworpen voor:

• Onderzoekers werkzaam in experimentele laboratoria op het gebied van biologische macromoleculen, zoals proteïnen, RNA en DNA.
• Wetenschappers wiens hoofddiscipline niet biologie is, maar die met biologische data moeten werken.
• Managers die nieuwe producten (bijvoorbeeld medicijnen) introduceren en hun kennis over hedendaagse bioinformatica willen vergroten.
• Programmeurs die programma's gaan ontwikkelen voor het werken met biologische moleculen.

De cursus is verdeeld in twee delen: een theorie- en een praktisch deel. De les wordt afgewisseld met eenvoudige praktijkopdrachten, quizzen en toetsen om zeker te stellen dat de deelnemers de concepten begrijpen.

Tijdens de training brengen we je mee op een begeleide rondleiding die alle basisaspecten van biologische data-analyse behandelt. Deze workshop biedt een ideale gelegenheid om vertrouwd te raken met bioinformatica en al haar facetten! Aan het einde van de cursus zul je in staat zijn om elke basisprobleem in de bioinformatica aan te pakken: je zult weten waar je de benodigde data vandaan kunt halen, hoe je relevante informatie kunt verkrijgen en hoe basissoftware en algoritmen werken. Ons doel is het vergroten van jouw begrip van biologische data.

Aan het einde van de cursus zul je in staat zijn om met biologische data te werken met behulp van bioinformatica-tools.

Dit instructeurgeleide, live training in Nederland (online of ter plaatse) is gericht op gezondheidszorgprofessionals die tussen- tot gevorderde kennis willen verkrijgen over de verschillende genetische sequencing en testoperaties.

Na afloop van deze training zullen de deelnemers in staat zijn:

• Sleutelconcepten van genetica te leren en begrijpen.
• Inzicht te krijgen in het werking van genetische sequencing en testoperaties.

Microbial genomics en metagenomics combineren sequencingtechnologieën en computationale analyse om microbiele gemeenschappen te profileren, genomen te karakteriseren en functionele eigenschappen zoals antimicrobiële resistentie te detecteren.

Deze docentenbegeleide, live training (online of op locatie) is bedoeld voor beginnende tot gemiddelde onderzoekers en bioinformatici die hands-on analyse willen uitvoeren van microbial genomics en metagenomic sequencing data.

Aan het einde van deze training zullen de deelnemers in staat zijn om:

• Gemeenschappelijke sequencing workflows en sleutelbestandsformaten in microbial genomics beschrijven.
• Kwaliteitscontrole en voorverwerking van ruwe NGS-lezingen uitvoeren.
• Taxonomische profilering uitvoeren met behulp van markergebaseerde en k-mer benaderingen.
• Microbiele genomen en plasmiden assembleren en annoteren.
• SNPs detecteren, fylogenieën bouwen en populatiestructuur interpreteren.
• Antimicrobiële resistentiegenen voorspellen en functionele profielen samenvatten.
• Herhaalbare workflows gebruiken met Conda, Docker en notebookgebaseerde rapporten.

Formaat van de Cursus

• Lezingen die concepten en tools introduceren (20%).
• Hands-on praktische sessies met behulp van voorbeelddatasetten (60%).
• Open discussies en geleide analyses zodat deelnemers methoden kunnen toepassen op hun gegevens (20%).

Opties voor Aangepaste Cursussen

• Voor het aanvragen van een aangepaste workshop met focus op klinische, milieukundige of industriële metagenomics, neem contact met ons op om dit te regelen.

Dit is een praktische cursus, die laat zien waarom programmeren een krachtig hulpmiddel is in de context van het oplossen van biologische problemen. Tijdens de cursus leren de deelnemers de programmeertaal Python, een taal die algemeen wordt beschouwd als zowel krachtig als gebruiksvriendelijk. Deze cursus kan worden beschouwd als een demonstratie van hoe bio-informatica het leven van biologen verbetert.

De cursus is bedoeld en bedoeld voor mensen zonder informatica-achtergrond die willen leren programmeren.

Deze cursus is geschikt voor:

• Onderzoekers die zich bezighouden met biologische gegevens.
• Wetenschappers die willen leren hoe ze alledaagse taken kunnen automatiseren en gegevens kunnen analyseren.
• Managers die willen leren hoe programmeren workflows en het uitvoeren van projecten verbetert.

Aan het einde van de cursus zijn de deelnemers in staat om korte programma's te schrijven, waarmee ze biologische gegevens kunnen manipuleren, analyseren en ermee kunnen omgaan en de resultaten in een grafisch formaat kunnen presenteren.

Dit cursus beoogt onderzoekers een begrip te geven van de principes van statistische ontwerp en analyse en hun relevantie voor onderzoek in een breed scala aan wetenschappelijke disciplines.

Het dekt enkele kansrekening en statistische methoden, voornamelijk door middel van voorbeelden. Deze training bevat ongeveer 30% colleges, 70% begeleide quizzes en laboratoria.

In het geval van een gesloten cursus kunnen we de voorbeelden en materialen aanpassen aan een specifieke tak van wetenschap (zoals psychologische tests, openbare sector, biologie, genetica, enzovoort).

In het geval van openbare cursussen worden gemengde voorbeelden gebruikt.

Hoewel er verschillende softwarepakketten worden gebruikt tijdens deze cursus (Microsoft Excel tot SPSS, Statgraphics, enzovoort), ligt de hoofdzet op het begrip van de principes en processen die het onderzoek, redenering en conclusie begeleiden.

Deze cursus kan worden gegeven als een hybride cursus, d.w.z. met huiswerk en opdrachten.