Bedankt voor uw aanvraag! Een van onze medewerkers neemt binnenkort contact met u op
Bedankt voor uw boeking! Een van onze medewerkers neemt binnenkort contact met u op.
Cursusaanbod
Inleiding tot Microbiele Genomics
- Overzicht van microbiele genomics en metagenomics
- Sequencingtechnologieën en typische studieontwerpen
- Belangrijke bestandformaten en gegevensorganisatie
Kwaliteitscontrole en Voorbewerking
- Leesgegevensbeoordeling en trimming
- Gastverwijdering en controle op besmetting
- Leesnormalisatie en overwegingen voor verder gebruik
Taxonomische Profileringsbenaderingen
- Markergebaseerde profilering met MetaPhlAn
- K-mer en classificatiemethoden met Kraken2 en Bracken
- Vergelijking van profileringsuitgangen en visualisatie
Metagenoom Assembleer- en Binning (overzicht)
- Assembleerstategieën en het gebruik van SPAdes
- Concepten van contig binning en veelvoorkomende gereedschappen (kort)
- Beoordeling van de kwaliteit en volledigheid van de assemblee
Genoomannotatie en MLST
- Genomen annoteren met Prokka
- MLST uitvoeren en sequentietypen interpreteren
- Rapporten opstellen voor het delen van resultaten
SNP Calling en Fylogenetica
- Mappinggebaseerde SNP calling workflows met Snippy
- Fylogenetische bomen bouwen met IQ-TREE
- Boomvisualisatie en interpretatie met iTOL
Antimicrobiële Resistentie en Functioneel Profileren
- AMR-gegendetectie met AMRFinderPlus, CARD, en ResFinder
- Functioneel profileren en wegsummariëring
- Resistentie en functionele annotaties rapporteren
Herhaalbare Workflows en Beste Praktijken
- Conda, Docker en pipeline-sjablonen gebruiken voor herhaalbaarheid
- Gegevensbeheer, metagegevensstandaarden en FAIR-principes
- Analyse schalen met cloudbronnen en notities
Casusstudies en Hands-on Labs
- 16S/18S amplicon-analyse van ruwe lezingen tot taxonomische tabel
- Metagenomisch profileren en vergelijkende analyse over monsters
- Genoomassembleer-, annotatie-, SNP-fylogenie- en AMR-rapportage
Samenvatting en Volgende Stappen
Vereisten
- Kennis van basisbiologische concepten zoals DNA en genen
- Vertrouwdheid met het gebruik van een command-line interface is aanbevolen
- Basisbegrip van sequencing-concepten en bestandsformaten (FASTQ, FASTA)
Publiek
- Microbiologen
- Academische onderzoekers
- Onderzoekspersoneel en industrie-onderzoekers geïnteresseerd in microbiele genomica
21 Uren
Leveringsopties
PRIVÉGROEPSTRAINING
Onze identiteit draait om het leveren van precies wat onze klanten nodig hebben.
- Pre-cursusgesprek met uw trainer
- Aanpassing van de leerervaring om uw doelen te bereiken -
- Op maat gemaakte overzichten
- Praktische, praktische oefeningen met gegevens / scenario's die herkenbaar zijn voor de cursisten
- Training gepland op een datum naar keuze
- Gegeven online, op locatie/klaslokaal of hybride door experts die ervaring uit de echte wereld delen
Private Group Prices RRP from €6840 online delivery, based on a group of 2 delegates, €2160 per additional delegate (excludes any certification / exam costs). We recommend a maximum group size of 12 for most learning events.
Neem contact met ons op voor een exacte offerte en om onze laatste promoties te horen
OPENBARE TRAINING
Kijk op onze public courses
